Het voornaamste doel van eenmicrotoom mesis het snijden van uniforme, ultra-dunne secties (doorgaans 0,5 tot 60 micrometer dik) van ingebedde biologische of industriële monsters. Deze secties worden vervolgens op objectglaasjes geplaatst, gekleurd en onder een microscoop onderzocht.
Belangrijkste toepassingen:
- Histologie (medisch/biologisch onderzoek): Het snijden van delen van menselijk of dierlijk weefsel (bijv. lever, huid, tumoren) om ziekten zoals kanker te diagnosticeren.
- Pathologie: Het voorbereiden van chirurgische biopsiemonsters voor snelle analyse tijdens of na de operatie.
- Plantkunde: Het in plakjes snijden van stengels, bladeren of wortels van planten om de celstructuur te bestuderen.
- Neurowetenschappen: het creëren van dunne delen van hersenweefsel om neurale verbindingen in kaart te brengen.
- Materiaalkunde: Het snijden van polymeren, kunststoffen, textiel of zelfs harde materialen zoals botten of tanden voor kwaliteitscontrole.

